كان أبو عبد الله (ع) يدعو عند قراءة كتاب الله عز وجل: "اللهم ربنا لك الحمد أنت المتوحد بالقدرة والسلطان المتين، ولك الحمد أنت المتعالي بالعز والكبرياء وفوق السماوات والعرش العظيم، ربنا ولك الحمد أنت المكتفي بعلمك، والمحتاج إليك كل ذي علم، ربنا ولك الحمد يا منزل الآيات والذكر العظيم، ربنا فلك الحمد بما علمتنا من الحكمة والقرآن العظيم المبين.
اللهم أنت علمتناه قبل رغبتنا في تعليمه، واختصصتنا به قبل رغبتنا بنفعه، اللهم فإذا كان ذلك منّاًَ منك وفضلاً وجوداً ولطفاً بنا ورحمة لنا وامتناناً علينا من غير حولنا ولا حيلتنا ولا قوتنا، اللهم فحبب إلينا حسن تلاوته وحفظ آياته وإيماناً بمتشابهه وعملاً بمحكمه وسبباً في تأويله وهدىً في تدبيره وبصيرة في بنوره، اللهم وكما أنزلته شفاءاً لأوليائك وشقاءاً على أعدائك وعمى على أهل معصيتك ونوراً لأهل طاعتك اللهم فاجعله لنا حصنا من عذابك وحرزاً من غضبك وحاجزاً عن معصيتك وعصمتاً من سخطك ودليلاً على على طاعتك نوراً يوم نلقاك، نستضيء به في خلقك ونجوز به على سراطك ونهتدي به إلى جنتك.
اللهم إنا نعوذ بك من الشقوة في حمله والعمى عن عمله والحور عن حكمه والعلو عن قصده والتقصير دون حقه.
اللهم احمل عنا ثقله، وأوجب لنا أجره، وأوزعنا شكره، واجعلنا نراعيه ونحفظه، اللهم اجعلنا اجعلنا نتبع حلاله ونجتنب حرامه ونقيم حدوده ونؤدي فرائضه. اللهم ارزفنا حلاوة في تلاوته ونشاطاً في قيامه ووجلاً في ترتيله وقوة في استعماله في آناء الليل وأطراف النهار، اللهم واشفنا من النوم باليسير، وأيقضنا في ساعة الليل من رقاد الراقدين، ونبهنا عند الاحايين التي يستجاب فيها الدعاء من سنة الوسنانين، اللهم اجعل لقلوبنا ذكاء عند عجائبه التي لا تنقضي ولذاذةً عند ترديده وعبرةً عند ترجيعه ونفعاً بيناً عند استفهامه.
اللهم إنا نعوذ بك من تخلفه في قلوبنا وتوسده عند رقادنا ونبذه وراء ظهورنا، ونعوذ بك من قساوة قلوبنا لما به وعظتنا.
اللهم انفعنا فيما صرفت فيه من الآيات، وذكرنا بما ضربت فيه من المثلات، وكفر عنا بتأويله السيئات، وضاعف لنا به جزاءاً في الحسنات، وارفعنا به ثواباً في الدرجات، ولقنِّا به البشرى بعد الممات، اللهم اجعلنا لنا زادا تقوينا به في الموقف بين يديك وطريقاً واضحاً نسلك به إليك وعلماً نافعاً نشكر به نعمائك وتخشعاً صادقاً نسبح به أسمائك ، فإنك اتخذت به علينا حجة قطعت به عذرنا، واصطنعت به عندنا نعمة قصر عنها شكرنا.
اللهم اجعله لنا ولياً يثبتنا من الزلل ودليلاً يهدينا إلى صالح العمل وعوناً هادياً يقومنا من الميل وعونا يقوينا من الملل، حتى يبلغ فينا أفضل الأمل.
اللهم اجعله لنا شافعاً يوم اللقاء وسلاحاً يوم الارتقاء وحجيجاً يوم القضاء ونوراً يوم الظلماء يوم لا أرض ولا سماء، يوم يجزى كل ساعٍ بما سعى، اللهم اجعله لنا رياً يوم الظما وفوزاً يوم الجزاء من نار حامية قليلة البُقْيا على من بها اصطلى، وبحرها تلظى، اللهم اجعله لنا برهاناً على رؤوس الملاء يوم يجمع فيه اهل الأرض وأهل السماء، اللهم ارزقنا منازل الشهداء وعيش السعداء ومرافقة الأنبياء.
اللهم أنت علمتناه قبل رغبتنا في تعليمه، واختصصتنا به قبل رغبتنا بنفعه، اللهم فإذا كان ذلك منّاًَ منك وفضلاً وجوداً ولطفاً بنا ورحمة لنا وامتناناً علينا من غير حولنا ولا حيلتنا ولا قوتنا، اللهم فحبب إلينا حسن تلاوته وحفظ آياته وإيماناً بمتشابهه وعملاً بمحكمه وسبباً في تأويله وهدىً في تدبيره وبصيرة في بنوره، اللهم وكما أنزلته شفاءاً لأوليائك وشقاءاً على أعدائك وعمى على أهل معصيتك ونوراً لأهل طاعتك اللهم فاجعله لنا حصنا من عذابك وحرزاً من غضبك وحاجزاً عن معصيتك وعصمتاً من سخطك ودليلاً على على طاعتك نوراً يوم نلقاك، نستضيء به في خلقك ونجوز به على سراطك ونهتدي به إلى جنتك.
اللهم إنا نعوذ بك من الشقوة في حمله والعمى عن عمله والحور عن حكمه والعلو عن قصده والتقصير دون حقه.
اللهم احمل عنا ثقله، وأوجب لنا أجره، وأوزعنا شكره، واجعلنا نراعيه ونحفظه، اللهم اجعلنا اجعلنا نتبع حلاله ونجتنب حرامه ونقيم حدوده ونؤدي فرائضه. اللهم ارزفنا حلاوة في تلاوته ونشاطاً في قيامه ووجلاً في ترتيله وقوة في استعماله في آناء الليل وأطراف النهار، اللهم واشفنا من النوم باليسير، وأيقضنا في ساعة الليل من رقاد الراقدين، ونبهنا عند الاحايين التي يستجاب فيها الدعاء من سنة الوسنانين، اللهم اجعل لقلوبنا ذكاء عند عجائبه التي لا تنقضي ولذاذةً عند ترديده وعبرةً عند ترجيعه ونفعاً بيناً عند استفهامه.
اللهم إنا نعوذ بك من تخلفه في قلوبنا وتوسده عند رقادنا ونبذه وراء ظهورنا، ونعوذ بك من قساوة قلوبنا لما به وعظتنا.
اللهم انفعنا فيما صرفت فيه من الآيات، وذكرنا بما ضربت فيه من المثلات، وكفر عنا بتأويله السيئات، وضاعف لنا به جزاءاً في الحسنات، وارفعنا به ثواباً في الدرجات، ولقنِّا به البشرى بعد الممات، اللهم اجعلنا لنا زادا تقوينا به في الموقف بين يديك وطريقاً واضحاً نسلك به إليك وعلماً نافعاً نشكر به نعمائك وتخشعاً صادقاً نسبح به أسمائك ، فإنك اتخذت به علينا حجة قطعت به عذرنا، واصطنعت به عندنا نعمة قصر عنها شكرنا.
اللهم اجعله لنا ولياً يثبتنا من الزلل ودليلاً يهدينا إلى صالح العمل وعوناً هادياً يقومنا من الميل وعونا يقوينا من الملل، حتى يبلغ فينا أفضل الأمل.
اللهم اجعله لنا شافعاً يوم اللقاء وسلاحاً يوم الارتقاء وحجيجاً يوم القضاء ونوراً يوم الظلماء يوم لا أرض ولا سماء، يوم يجزى كل ساعٍ بما سعى، اللهم اجعله لنا رياً يوم الظما وفوزاً يوم الجزاء من نار حامية قليلة البُقْيا على من بها اصطلى، وبحرها تلظى، اللهم اجعله لنا برهاناً على رؤوس الملاء يوم يجمع فيه اهل الأرض وأهل السماء، اللهم ارزقنا منازل الشهداء وعيش السعداء ومرافقة الأنبياء.
إنك سميع الدعاء."